Afin de mieux servir sa communauté de chercheurs, l’UNIL se dote d’un nouveau Centre de compétences en bioinformatique (BICC). A sa tête, Nicolas Guex, maître d’enseignement et de recherche à la Faculté de biologie et de médecine (FBM).
La bioinformatique constitue, à l’heure actuelle, un outil incontournable de la recherche. Dans les domaines plus spécifiques des sciences de la vie et du monde médical, elle permet de transformer une avalanche de données brutes (les big data) en des données exploitables (les smart data), utiles notamment dans la compréhension des causes de maladies, l’établissement de diagnostics ou l’élaboration de nouvelles molécules thérapeutiques. La bioinformatique permet aussi l’analyse et l’intégration des multiples types de données provenant de la recherche fondamentale.
Deux nouvelles structures alliant calcul, stockage et support bioinformatique
En janvier 2019, la Direction de l’UNIL a décidé d’inclure dans son Centre informatique (Ci) une nouvelle Division calcul et soutien à la recherche (DCSR). Cette infrastructure à haute performance offre une capacité de calcul et de stockage aux chercheurs de toutes les facultés ainsi qu’aux chercheurs du CHUV. La division propose également aux scientifiques un pôle de soutien dans différents domaines de pointe tels que l’optimisation de code informatique ou le machine learning, tout en couvrant les aspects de formation.
Dans le sillage de la DCSR, un nouveau Centre de compétences en bioinformatique (BICC) a vu le jour en juin 2019. Basée au Génopode, à Dorigny, l’unité est dirigée par le DrSc. Nicolas Guex, maître d’enseignement et de recherche à la FBM, secondé dans ses tâches par le DrSc. Christian Iseli. «Le BICC compte actuellement six collaborateurs. L’hébergement des machines pour le stockage des données – le cluster – est assuré par la DCSR. Pour notre part, nous offrons le support bioinformatique, autrement dit tous les aspects liés au traitement et à l’analyse des données», détaille Nicolas Guex. Libre ensuite au chercheur de faire appel à une seule ou aux deux structure(s) mise(s) à disposition par l’UNIL.
Intervenir en amont du projet de recherche
Les prestations proposées par le BICC peuvent aller de quelques jours pour des analyses ponctuelles, à plusieurs semaines, voire plusieurs mois, pour des projets plus conséquents. «L’important, souligne Nicolas Guex, est que les bioinformaticiens soient impliqués le plus en amont possible dans le projet de recherche, car la façon dont les données sont générées conditionne fortement les possibilités d’analyse. En outre, une bonne coordination entre les différents acteurs permet notamment d’éviter une fragmentation des données et de faciliter l’intégration de celles-ci en une seule analyse. Nous avons par ailleurs constaté que chaque problème nécessite souvent la modification ou la création d’algorithmes spécifiques ainsi qu’une palette de compétences variées; il est de ce fait plus efficace de mettre d’office plusieurs bioinformaticiens sur un même projet. Grâce à nos connaissances et à notre expertise, nous pouvons rendre le protocole d’analyse plus robuste et davantage reproductible.»
Vers un volet clinique du BICC
Si l’essentiel de la clientèle du BICC est issue des sciences de la vie, le centre est ouvert aux sept facultés de l’UNIL ainsi qu’au CHUV et aux sciences cliniques. Un BICC «médical» est d’ailleurs en cours d’élaboration. «Il est aussi important de relever que le modèle de coûts unitaires du BICC répond aux règles du FNS, ce qui permet aux scientifiques d’intégrer dans leur budget recherche le support bioinformatique dont ils auront besoin», précise encore Nicolas Guex.